رشته قارچ شناسی پزشکی از این نظر اهمیت بسیار دارد که قارچ ها موجودات زنده ای هستند و به واسطه برخی تفاوت ها، از جانوران و گیاهان متمایز می شوند. قارچ ها فواید فراوانی دارند (معروف ترین مثال از خواص قارچ ها، داروی پنی سیلین است که از قارچی به همین نام به دست می آید) اما در عین حال منشأ بیماری نیز هستند و می توانند با برخی از گونه های خود، در انسان، دام، طیور و گیاهان ایجاد بیماری نمایند و برخی از قارچ ها به دلیل تولید سموم کشنده، قادر به آسیب رسانی جدی به انسان هستند.
رشته قارچ در علم پزشکی به دلایل فوق حائز اهمیت است. در کارشناسی ارشد قارچ شناسی پزشکی، دانشجویان می آموزند که قارچ ها از نظر پزشکی چه اهمیتی دارند، عفونت های ناشی از آن ها کدامند، تشخیص، درمان و نحوه پیشگیری از آن ها چگونه است.
فارغ التحصیلان رشته قارچ شناسی پزشکی می توانند به تهیه و تولید انواع آنتی ژن‌ها و آنتی سرم‌های قارچی جهت تشخیص آزمایشگاهی و مطالعات اپیدمیولوژیک بیماری های قارچی در ایران و بررسی و ارائه پروژه‌های تحقیقاتی کاربردی جهت پیشگیری و کنترل بیماری‌های قارچی مهم کشور بپردازند.
قدیمی‌ترین مطلب مستند راجع به عفونت‌های قارچی به سال های 1000 تا 2000 سال قبل از میلاد بر می‌گردد که درمورد مایستومای پا بوده و از هندوها به جای مانده است. از اسناد اولیه دیگر می‌توان به مجموعه‌ای اشاره کرد که از بقراط (هیپوکراتیس) پزشک یونانی (370-460 قبل از میلاد) به جا مانده است که علائم مربوط به کاندیدیازیس دهانی، رینگ ورم آماسی و فاووس را توصیف نموده است.
در طی قرن اول بعد از میلاد عفونت‌های قارچی بدون توجه به اتیولوژی آن ها مطرح بوده‌اند ولی در قرن بعد به ماهیت قارچی بیماری ها توجه شده و در حقیقت این امر توسط کارهای هنری بعضی از هنرمندان با به تصویر کشیده شدن آن ها توصیف شده است.
اگرچه علم رشته قارچ شناسی پزشکی در حال حاضر سابقه 165 ساله (از 1839 به بعد) جهانی دارد ولی در ایران کارشناسی ارشد این رشته از سال 1363 در دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی تهران راه اندازی شده است.

هدف و رسالت رشته

در کارشناسی ارشد رشته قارچ شناسی پزشکی، دانشجویان می آموزند که قارچ ها از نظر پزشکی چه اهمیتی دارند، عفونت های ناشی از آنها کدامند، تشخیص، درمان و نحوه پیشگیری از آن‌ها چگونه می باشد.
زمینه های فعالیت در بازار کار
در زمینه پژوهشی :
 طراحی و اجرای پروژه های تحقیقاتی برای شناسایی قارچ ها به منظور ارتقاء سلامت جامعه
 مطالعه و بررسی روش های جدید به منظور کسب آگاهی از شیوه های نوین پژوهشی در رشته قارچ شناسی پزشکی

در زمینه آموزشی:
 طراحی و تدوین برنامه های آموزشی در زمینه های مرتبط با قارچ شناسی پزشکی
 تدریس در زمینه های مرتبط با قارچ شناسی در سطوح دانشگاهی یا دیگر مراکز علمی
 آموزش اصول و استانداردهای ایمنی حفاظت فردی و پیشگیری از ابتلاء به بیماری های قارچی
 طراحی و تدوین روش های بهینه جهت آموزش دانشجویان و انجام نوآوری ها و خلاقیت های لازم در این رابطه
در زمینه خدماتی:
 گزارش نتایج حاصله از انجام آزمایشات نمونه ها در ارتباط با بیماری‌های قارچی در مراکز بهداشتی درمانی
 راه اندازی روش های جدید تشخیصی و نظارت بر کیفیت انجام آزمایشات در مراکز بهداشتی درمانی
 همکاری با پزشک معالج بیماران
نقش مشاوره ای:
ارائه خدمات مشاوره پزشکی در زمینه تشخیصی و کنترل بیماری های قارچی و تفسیر نتایج حاصله از انجام آزمایشات
معرفی دروس امتحانی رشته قارچ شناسی پزشکی
قارچ شناسی ضریب 4
زیست سلولی مولکولی ضریب 1
ایمنی شناسی ضریب 2
باکتری شناسی ضریب 1
انگل شناسی ضریب 1
زبان ضریب 2
عنوان رشته هایی که می توانند در کنکور رشته قارچ شناسی پزشکی شرکت کنند:
کارشناسی علوم آزمایشگاهی پزشکی، زیست شناسی (گرایش های میکروب شناسی، سلولی مولکولی و جانوری)، میکروبیولوژی

آینده تحصیلی

این رشته در 2 مقطع کارشناسی ارشد و دکتری در ایران پذیرش دارد. فارغ التحصیلان این رشته گزینه‌های انتخابی بسیارمتنوعی برای ادامه تحصیل در مقطع دکتری دارند،
وزارت علوم: دکترای زیست شناسی (کلیه گرایش ها)
وزارت بهداشت: دکترای رشته های ایمنی شناسی پزشکی، باکتری شناسی پزشکی، پزشکی مولکولی، نانو فناوری پزشکی، علوم سلولی کاربردی، ویروس شناسی پزشکی، زیست فناوری پزشکی