برنامه عملیاتی به عنوان ابزاری دقیق برای پیاده سازی برنامه های بلندمدت و استراتژیک سازمان محسوب میشود و نحوه تدوین و ارزیابی آن، می تواند سازمان را در حصول به اهداف و میزان اجرایی شدن برنامه ها راهنمایی نماید. در گزارشی که از برنامه عملیاتی در آموزش علوم پزشکی کشور در تابستان 1400 منتشر شد، چارچوب های تدوین برنامه عملیاتی، ویژگی های برنامه عملیاتی حوزه آموزش، سازماندهی کارگروه های ارزیابی و ابزار و مدل آن مورد بررسی قرار گرفته است.

گفتنیست در اجرای برنامه های عملیاتی در کلان منطقه 9 آمایشی دو مبحث نهادینه سازی برنامه ها به صورت هدفمند در دانشکده ها و پایش مستمر با رویکرد دو وجهی مطرح شده است و دانشگاه علوم پزشکی مشهد با توجه به شرایط و فراخور نیاز،  به منظور نهادینه سازی برنامه های محوله، اهداف و فعالیت ها را ذیل اهداف کمی و کیفی برنامه عملیاتی وزارتخانه تعریف و به دانشکده ها ابلاغ نموده است.

مرکز آموزش عالی علوم پزشکی وارستگان نیز با توجه کسب رتبه های برتر در رتبه بندی علمی دانشگاه های علوم پزشکی و توجه ویژه به بسته های آموزش طرح تحول نظام سلامت در برنامه عملیاتی سالانه، در نامه ای آمادگی خود را برای شرکت در جلسات و کارگروه های ستاد تحول در آموزش پزشکی کلان منطقه 9 آمایشی به دانشگاه علوم پزشکی مشهد اعلام کرد تا این دانشگاه بتواند ضمن فعالیت در این کارگروه ها ، نسبت به اجرایی شدن این برنامه ها در علوم پزشکی وارستگان اقدامات لازم را انجام دهد.